如果按代理服務(wù)操作，相應(yīng)的發(fā)票應(yīng)當(dāng)直接開具給新公司，問題所述情況，發(fā)票已經(jīng)開給貴公司，難以按代理服務(wù)操作。

貴公司可以依據(jù)自身情況選用以下方式操作：

一：作為前期調(diào)研費用處理，費用直接再貴公司賬上處理，不再向新項目收取款項

在新公司尚未被批準(zhǔn)籌建，貴公司作為投資者，為新成立公司發(fā)生的勘察設(shè)計、可行性分析、調(diào)查研究費用等支出，屬于投資者為對外投資而發(fā)生的費用，應(yīng)該由投資者自己承擔(dān)，不應(yīng)作為開辦費在新成立公司入賬，也不應(yīng)在新成立公司稅前列支。投資者為企業(yè)的，相關(guān)費用可以在投資者稅前據(jù)實列支。

根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第八條規(guī)定，企業(yè)實際發(fā)生的與取得收入有關(guān)的、合理的支出，準(zhǔn)予在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。

二：明確相關(guān)費用由新公司承擔(dān)，直接將發(fā)票交由新公司入賬

貴公司在簽訂勘察設(shè)計合同、開展相關(guān)服務(wù)等資料中明確，相關(guān)費用的服務(wù)對象是新公司，相關(guān)費用均由新公司承擔(dān)，以證明業(yè)務(wù)發(fā)生的真實性。但采取這種方法，發(fā)票抬頭不是新成立的公司，仍存在一定的風(fēng)險。

三：貴公司向新公司收回款項，按照對應(yīng)的項目向新公司收取費用、開具發(fā)票

即貴公司向新公司提供服務(wù)，真正的服務(wù)提供方向貴司提供服務(wù)?？辈煸O(shè)計按照6%開具設(shè)計費發(fā)票、其他日常管理服務(wù)，按照管理服務(wù)開具發(fā)票，適用6%的稅率。該方式存在的問題是，貴公司可能不具備部分服務(wù)項目的資質(zhì)，且直接平價開具，稅務(wù)機(jī)關(guān)可能質(zhì)疑價格偏低。

綜上，問題所述勘察設(shè)計、報告編制等費用，我個人更傾向于屬于前期的調(diào)研費用，直接按第一種方式處理。