個人獨(dú)資企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營所得應(yīng)納個人所得稅的計(jì)算有兩種方法：分別是查賬征收與核定征收。
查賬征收允許比照企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額的計(jì)算方法，扣除與其經(jīng)營所得有關(guān)的成本、費(fèi)用、損失等，再按照個人所得稅法扣除投資者本人費(fèi)用計(jì)算應(yīng)納稅所得額。核定征收包括定額征收、核定應(yīng)稅所得率征收及其他合理的征收方式。以核定應(yīng)稅所得率的征收方式而言，對不同行業(yè)的應(yīng)稅所得率僅規(guī)定了比例范圍，同一行業(yè)最低比例與最高比例差異較大。
稅法規(guī)定，企業(yè)經(jīng)營多業(yè)的，無論其經(jīng)營項(xiàng)目是否單獨(dú)核算，均應(yīng)根據(jù)其主營項(xiàng)目確定適用的應(yīng)稅所得率，可能導(dǎo)致適用較低應(yīng)稅所得率的業(yè)務(wù)按照較高的應(yīng)稅所得率征稅;實(shí)行核定征稅的投資者，不能享受個人所得稅的優(yōu)惠政策;實(shí)行查賬征稅方式的個人獨(dú)資企業(yè)改為核定征稅方式后，在查賬征稅方式下認(rèn)定的年度經(jīng)營虧損未彌補(bǔ)完的部分，不得再繼續(xù)彌補(bǔ)。對核定征收方式而言，這些因素都可能加重企業(yè)稅負(fù)。相比之下，查賬征收的方式可以享受部分稅收優(yōu)惠待遇，涉稅風(fēng)險較小，便于投資者和稅務(wù)機(jī)關(guān)全面掌握企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營情況，綜合權(quán)衡后，投資者最好選擇查賬征收方式，這需要個人獨(dú)資企業(yè)依照國家規(guī)定設(shè)置賬簿，核算收入、成本、費(fèi)用，并按期辦理納稅申報。
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