甲方作為總包方，乙方作為分包方。其與業(yè)主之間的關(guān)系是，業(yè)主將工程發(fā)包給總包方（總承包方，問題所述甲方），總承包方將勞務(wù)分包給分包方（問題所述乙方）。總包方向發(fā)包方（業(yè)主）收取500萬，分包方向總包方收取100萬，總包方向業(yè)主開具發(fā)票，分包方向總包方開具發(fā)票。

具體分析如下：

1、總包方與分包方的關(guān)系

總包方應(yīng)當(dāng)要求分包方開具增值稅專用發(fā)票進(jìn)行抵扣，開具發(fā)票時，需注意雙方簽訂的合同是凈價合同還是含稅價合同。

總包方（甲方）將勞務(wù)分包給分包方（乙方），作為勞務(wù)分包商，其一般具有專業(yè)的承包資質(zhì)，跟總包方簽訂的是《勞務(wù)分包合同》，由于分包給乙方的只有100萬元，且分包方仍為小規(guī)模納稅人，其收取的100萬元工程款，適用小規(guī)模納稅人的征收率3%，即其提供分保服務(wù)收取的100萬元，按規(guī)定需要繳納增值稅2.91萬元（100/(1+3%)*3%=2.91），小規(guī)模納稅人提供服務(wù)，自身不具備開具增值稅專業(yè)發(fā)票的資格，但貴公司可以要求分包方到稅務(wù)機(jī)關(guān)申請代開增值稅專用發(fā)票入賬。

2、總包方與發(fā)包方的關(guān)系

總包方向發(fā)包方提供服務(wù)，只是在提供服務(wù)過程當(dāng)中，將100萬元的勞務(wù)分包給問題所述乙方，此時是乙方向總包方提供服務(wù)?？偘脚c發(fā)包方的關(guān)系，不受該分包業(yè)務(wù)的影響，總包方向發(fā)包方提供建筑服務(wù)收取500萬元，仍需按規(guī)定繳納增值稅，選用一般計稅方式的，適用的稅率為11%，選用簡易計稅方式（甲供工程、老項目、清包工工程）的，適用的征收率為3%（分包款可以已扣除）