高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請高新技術(shù)企業(yè)認定的企業(yè)委托，審計其近三個會計年度（實際經(jīng)營不足三年的，按實際經(jīng)營年限）的研發(fā)費用結(jié)構(gòu)清單和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入清單，并出具專項審計報告。

注：申報企業(yè)近三個會計年度財務(wù)報表（含資產(chǎn)負債表）.損益表.未經(jīng)會計師事務(wù)所審計，實際年限不足三年的，應(yīng)當委托財務(wù)報表審計。

《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》對高新技術(shù)企業(yè)認定申請材料提出了要求，其中第六點提到：

合格中介機構(gòu)出具的企業(yè)近三個會計年度研發(fā)費用和近一個月會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入專項審計或驗證報告，附研發(fā)活動說明材料；

可見，要申請高新技術(shù)企業(yè)認定，必須提供專項審計報告。

1.擬向有關(guān)部門申請高新技術(shù)企業(yè)認定的企業(yè)，均需進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計；

2.由于高新技術(shù)企業(yè)資質(zhì)自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，企業(yè)應(yīng)在期滿前三個月內(nèi)提出復(fù)審申請。未提出復(fù)審申請或者復(fù)審不合格的，高新技術(shù)企業(yè)資質(zhì)到期自動失效。

因此，擬向有關(guān)部門申請高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審的企業(yè)，需要對高新技術(shù)企業(yè)進行專項審計。

因此，無論是第一次申報還是復(fù)審，都需要對高新技術(shù)企業(yè)進行專項審計。