您好，

第一步，該股權轉讓構成間接轉讓中國應稅財產，因此應適用國家稅務總局公告2015年第7號的規(guī)定。

第二步，7號公告規(guī)定了中國應稅財產所得的三種情形，分別是間接轉讓機構、場所財產所得，間接轉讓不動產所得，間接轉讓股權所得。本案例應適用于第二種間接轉讓不動產所得，根據7號公告規(guī)定，按照企業(yè)所得稅法第三條第三款規(guī)定征稅

第三步，企業(yè)所得稅法第三條第三款的所得，應以支付人為扣繳義務人，既是本例中的A公司，應在上海代扣代繳

第四步，7號公告對于扣繳義務進行了明確，規(guī)定扣繳義務人未扣繳，且股權轉讓方未向主管稅務機關申報繳納稅款的，主管稅務機關可以追究扣繳義務人責任。對于主管稅務機關，7號公告規(guī)定的是“財產轉讓所得應納企業(yè)所得稅稅款的主管稅務機關”，個人理解，不動產轉讓應由扣繳義務人的主管稅務機關管轄，即本例中的上海稅務機關。

綜上，根據文件理解，應在上?？劾U稅款，未扣繳的，應由股權轉讓方在上海申報，這樣上海稅務機關應不會追究其扣繳責任。但現在是股權轉讓方在福建申報入庫稅款，上海稅務機關可能會要求A公司在上海入庫，在福建退稅。這其中的關鍵，既是對于7號公告中的主管稅務機關的準確界定。

需要提醒的是，2015年7號公告規(guī)定的間接轉讓中國財產，本身即很復雜，對7號公告也有不少爭議，關于地區(qū)管轄的問題，我與稅務機關的老師也多次協(xié)商，各地區(qū)理解還有不同。比如對于主管稅務機關的理解，本人理解的是扣繳義務人所在地的主管稅務機關，但有的地區(qū)認為是不動產所在地的主管稅務機關。這個還要落實到具體的管轄地區(qū)。