營(yíng)改增后，需要依據(jù)財(cái)稅[2016]43號(hào)文的規(guī)定操作，一是收入確認(rèn)的時(shí)候，不含增值稅，二是扣除項(xiàng)目時(shí)，依據(jù)不同情況考慮是否包含增值稅。扣除的稅金，營(yíng)改增之前包括營(yíng)業(yè)稅金及附加，營(yíng)改增之后，不包括繳納的增值稅，但附加稅費(fèi)可以扣除。

財(cái)稅[2016]43號(hào)文第三條規(guī)定，土地增值稅納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)取得的收入為不含增值稅收入。 《中華人民共和國(guó)土地增值稅暫行條例》等規(guī)定的土地增值稅扣除項(xiàng)目涉及的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，允許在銷項(xiàng)稅額中計(jì)算抵扣的，不計(jì)入扣除項(xiàng)目，不允許在銷項(xiàng)稅額中計(jì)算抵扣的，可以計(jì)入扣除項(xiàng)目。

《上海市地方稅務(wù)局關(guān)于印發(fā)2016年土地增值稅清算工作有關(guān)問(wèn)題處理指引的通知》（穂地稅函〔2016〕188號(hào)）做了更詳細(xì)的解釋，可以參考：

一、營(yíng)改增后土地增值稅相關(guān)問(wèn)題處理

(一)土地增值稅納稅人銷售自行開(kāi)發(fā)的房地產(chǎn)項(xiàng)目取得的收入為不含增值稅收入,其中：

1.納稅人選用增值稅簡(jiǎn)易計(jì)稅方法計(jì)稅的,土地增值稅預(yù)征、清算收入均按“含稅銷售收入/(1+5%)”確認(rèn)。

2.納稅人選用增值稅一般計(jì)稅方法計(jì)稅的,土地增值稅預(yù)征收入按“含稅銷售收入/(1+11%)”確認(rèn)；土地增值稅清算收入按“(含稅銷售收入-本項(xiàng)目土地價(jià)款)×11%/(1＋11%)”確認(rèn),即:納稅人按規(guī)定允許以本項(xiàng)目土地價(jià)款扣減銷售額而減少的銷項(xiàng)稅金,應(yīng)調(diào)增土地增值稅清算收入。

含稅銷售收入是指納稅人銷售房地產(chǎn)時(shí)取得的全部?jī)r(jià)款及有關(guān)的經(jīng)濟(jì)利益。本項(xiàng)目土地價(jià)款是指按照財(cái)稅〔2016〕36號(hào)文規(guī)定,納稅人受讓土地時(shí)向政府部門支付的土地價(jià)款(如果一次受讓土地使用權(quán)，分期開(kāi)發(fā)、清算的,則土地價(jià)款需要按照合法合理的方法進(jìn)行分?jǐn)偞_認(rèn))。

例:甲房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)為一般納稅人按照增值稅一般計(jì)稅方法計(jì)稅。甲企業(yè)預(yù)售一套房產(chǎn)，取得含稅銷售收入1110萬(wàn)，假設(shè)對(duì)應(yīng)允許扣除的土地價(jià)款為400萬(wàn)。則甲企業(yè)預(yù)售房產(chǎn)時(shí)土地增值稅預(yù)征收入為1110/(1+11%)=1000萬(wàn)。甲企業(yè)按照財(cái)稅〔2016〕36號(hào)文規(guī)定,到期申報(bào)應(yīng)交增值稅為(1110-400)/(1+11%)×11%=70.36萬(wàn),則甲企業(yè)土地增值稅潔算收入為1110-70.36=(1110400X11%)/(111%)=1039.64萬(wàn)。

(二)納稅人銷售自行開(kāi)發(fā)的房地產(chǎn)項(xiàng)目,且選用增值稅一般計(jì)稅方法計(jì)稅的,按規(guī)定允許以本項(xiàng)目土地價(jià)款扣減銷售額而減少的銷項(xiàng)稅金,不調(diào)減納稅人在土地增值稅清算時(shí)確認(rèn)的土地成本。

(三)對(duì)《條例》等規(guī)定的土地增值稅扣除項(xiàng)目金額,在營(yíng)改增后,應(yīng)按財(cái)稅〔2016〕43號(hào)文第三條規(guī)定處理,具體實(shí)際操作中可結(jié)合納稅人取得的憑證類型確認(rèn):

1.納稅人取得營(yíng)業(yè)稅發(fā)票的，應(yīng)按發(fā)票所載金額確認(rèn)。

2.納稅人取得增值稅專用發(fā)票、海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書、農(nóng)產(chǎn)品收購(gòu)發(fā)票等增值稅抵扣憑證的,應(yīng)按憑證所載的不含增值稅金額確認(rèn)。另外,納稅人如果發(fā)生不允許在增值稅銷項(xiàng)稅額中抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額,經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)確認(rèn)后,也可計(jì)入扣除項(xiàng)目金額。

3.納稅人取得增值稅普通發(fā)票的,應(yīng)按發(fā)票所載的含增值稅金額確認(rèn)。

（四）對(duì)《財(cái)政部國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問(wèn)題的通知》（財(cái)稅〔2006〕21號(hào))第二條關(guān)于“舊房轉(zhuǎn)讓的土地增值稅扣除項(xiàng)目可按發(fā)票所載金額并從購(gòu)買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計(jì)5%計(jì)算"的規(guī)定，營(yíng)改增后,“發(fā)票所載金額”的確定與本指引的第一條第（三）點(diǎn)的處理一致。

（五）對(duì)《條例》等規(guī)定的“與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金”，營(yíng)改增后,不含轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時(shí)數(shù)納的增值稅。