未具體操作過類似問題，以下回復僅供參考。

自由貿(mào)易協(xié)定優(yōu)惠，在稅務上主要是關(guān)稅方面的優(yōu)惠，而且是不同產(chǎn)品可能適用不同的關(guān)稅稅率，對于增值稅，不受自由貿(mào)易協(xié)定的影響。

只有原產(chǎn)于自由貿(mào)易協(xié)定成員國的貨物，才有資格從自由貿(mào)易協(xié)定中受益。貴公司從美國進口原材料，不能夠享受關(guān)稅優(yōu)惠，需要按規(guī)定繳納增值稅、關(guān)稅。

貴公司出口至澳大利亞等自由貿(mào)易協(xié)定國，可以按規(guī)定享受相應的協(xié)定優(yōu)惠。具體按照《中華人民共和國政府和澳大利亞政府自由貿(mào)易協(xié)定》，具體的關(guān)稅稅率，可以查看《海關(guān)總署公告2015年第69號（關(guān)于2016年關(guān)稅實施方案的公告）》附件5.中國-韓國、中國-澳大利亞自由貿(mào)易協(xié)定2016年協(xié)定稅率表.xls

具體減免稅手續(xù)辦理，主要有進口方辦理，出口企業(yè)需要保證符合以下條件：

一是我國出口產(chǎn)品應滿足自由貿(mào)易協(xié)定原產(chǎn)地規(guī)則要求。

二是我國出口企業(yè)要到當?shù)貦z驗檢疫機構(gòu)辦理原產(chǎn)地證簽證企業(yè)備案，獲得簽證資格。

三是我國出口企業(yè)在出口貨物前要及時申領自由貿(mào)易協(xié)定原產(chǎn)地證（自由貿(mào)易協(xié)定原產(chǎn)地證書是我國出口產(chǎn)品享受進口國優(yōu)惠關(guān)稅的證明文件，進口國海關(guān)憑此證書給予進口產(chǎn)品關(guān)稅減免）。