根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào)）的規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計(jì)算的企業(yè)所得稅，包括預(yù)繳稅款和匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機(jī)構(gòu)間分?jǐn)?，各分支機(jī)構(gòu)根據(jù)分?jǐn)偠惪罹偷剞k理繳庫(kù)或退庫(kù)；50%由總機(jī)構(gòu)分?jǐn)偫U納。匯總納稅企業(yè)預(yù)繳申報(bào)時(shí)，總機(jī)構(gòu)除報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表和企業(yè)當(dāng)期財(cái)務(wù)報(bào)表外，還應(yīng)報(bào)送匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表和各分支機(jī)構(gòu)上一年度的年度財(cái)務(wù)報(bào)表（或年度財(cái)務(wù)狀況和營(yíng)業(yè)收支情況）；分支機(jī)構(gòu)除報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表（只填列部分項(xiàng)目）外，還應(yīng)報(bào)送經(jīng)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表。因此，匯總納稅企業(yè)的總分機(jī)構(gòu)應(yīng)按上述規(guī)定申報(bào)企業(yè)所得稅。

備案程序：

1. 總分機(jī)構(gòu)稅務(wù)登記信息備案

總機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)將其所有二級(jí)分支機(jī)構(gòu)（包括不參與就地預(yù)繳分支機(jī)構(gòu)）的信息及二級(jí)分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)的郵編、地址報(bào)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案。

分支機(jī)構(gòu)注銷后15日內(nèi)，總機(jī)構(gòu)應(yīng)將分支機(jī)構(gòu)注銷情況報(bào)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案。

2. 總機(jī)構(gòu)所屬分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分?jǐn)偙壤齻浒?/p>

總機(jī)構(gòu)應(yīng)在每年3月20日前（查詢當(dāng)?shù)囟悇?wù)局），依照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告〔2012〕57號(hào)）文件規(guī)定，計(jì)算各分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅應(yīng)分?jǐn)偟谋壤顖?bào)《匯總納稅總機(jī)構(gòu)所屬分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分?jǐn)偙壤?jì)算表》，并隨同總機(jī)構(gòu)上年度《企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表（A類）》和財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表以及職工薪酬核算情況、總機(jī)構(gòu)所屬外省市分支機(jī)構(gòu)上年度分部會(huì)計(jì)報(bào)表以及經(jīng)營(yíng)情況、職工薪酬核算情況的說明。

總機(jī)構(gòu)由于當(dāng)年重組等原因從其他企業(yè)取得重組當(dāng)年之前已存在的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的，以及總機(jī)構(gòu)內(nèi)就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的總機(jī)構(gòu)、二級(jí)分支機(jī)構(gòu)之間發(fā)生合并、分立、管理層級(jí)變更等形成新設(shè)或存續(xù)的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的，應(yīng)在變更稅務(wù)登記之日起15日重新辦理匯總納稅總機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分?jǐn)偙壤齻浒浮?/p>

3. 分支機(jī)構(gòu)資產(chǎn)損失申報(bào)

分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的各項(xiàng)資產(chǎn)損失，應(yīng)當(dāng)按照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布〈企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法〉的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2011年第25號(hào)）的規(guī)定到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行資產(chǎn)損失申報(bào)，并將加蓋主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理專用章的各類資產(chǎn)損失稅前扣除申報(bào)表報(bào)送其總機(jī)構(gòu)，由總機(jī)構(gòu)在企業(yè)所得稅匯算清繳中據(jù)以稅前扣除。

提交資料

1總機(jī)構(gòu)包括新辦的總機(jī)構(gòu)或有新增或撤并分支機(jī)構(gòu)的總機(jī)構(gòu)，應(yīng)提交《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅總分機(jī)構(gòu)備案表（總機(jī)構(gòu)）》

2.分支機(jī)構(gòu)包括新辦分支機(jī)構(gòu)或總機(jī)構(gòu)信息、上級(jí)機(jī)構(gòu)、下屬分支機(jī)構(gòu)信息發(fā)生變化的分支機(jī)構(gòu)，應(yīng)提交 《跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅總分機(jī)構(gòu)備案表（分支機(jī)構(gòu)）》