1、企業(yè)所得稅匯算清繳時能否全額扣除取決于在匯算清繳前是否有去稅務(wù)局做資產(chǎn)損失專項申報。

根據(jù)《企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2011年第25號）第三條準予在企業(yè)所得稅稅前扣除的資產(chǎn)損失，是指企業(yè)在實際處置、轉(zhuǎn)讓上述資產(chǎn)過程中發(fā)生的合理損失（以下簡稱實際資產(chǎn)損失），以及企業(yè)雖未實際處置、轉(zhuǎn)讓上述資產(chǎn)，但符合《通知》和本辦法規(guī)定條件計算確認的損失（以下簡稱法定資產(chǎn)損失）。

第四條企業(yè)實際資產(chǎn)損失，應(yīng)當(dāng)在其實際發(fā)生且會計上已作損失處理的年度申報扣除；法定資產(chǎn)損失，應(yīng)當(dāng)在企業(yè)向主管稅務(wù)機關(guān)提供證據(jù)資料證明該項資產(chǎn)已符合法定資產(chǎn)損失確認條件，且會計上已作損失處理的年度申報扣除。

第五條企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)損失，應(yīng)按規(guī)定的程序和要求向主管稅務(wù)機關(guān)申報后方能在稅前扣除。未經(jīng)申報的損失，不得在稅前扣除。

2、報廢存貨對應(yīng)的進項稅額需做進項稅額轉(zhuǎn)出。

根據(jù)《增值稅暫行條例》第十條規(guī)定，“非正常損失的購進貨物及相關(guān)的應(yīng)稅勞務(wù)”、 “非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購進貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)”的進項稅金，不得從銷項稅金中抵扣。

原《增值稅暫行條例實施細則》第二十一條規(guī)定，非正常損失，是指生產(chǎn)、經(jīng)營過程中正常損耗外的損失，包括:一是自然災(zāi)害損失；二是因管理不善造成貨物被盜竊、發(fā)生霉爛變質(zhì)等損失；三是其它非正常損失。實際稅收征管中，自然災(zāi)害損失的進項稅額不得抵扣有些不近情理，“其它非正常損失”范圍不夠明確，難以準確把握，存在爭議，為此。修訂后的《增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規(guī)定，非正常損失限于因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質(zhì)的損失。

以上答復(fù)供參考，希望能對您有所幫助！