您好，問題收悉，答復如下：

公司在上海注冊了一家公司，想在其他省市建立分公司，且不獨立核算是可以的。但是必須要分部門核算，因為在當?shù)剡€涉及到增值稅及附加以及其他稅費的核算。尤其是增值稅，必須要以分公司的稅號開具發(fā)票，認證抵扣發(fā)票，用分公司的銀行賬號收付款等。

增值稅可以合并繳納，但是申請比較困難，尤其是跨省市，據(jù)本人實務經(jīng)驗，雖然有文件規(guī)定，但實際操作非常困難。企業(yè)所得稅總分機構(gòu)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”辦法。即總分機構(gòu)統(tǒng)一計算企業(yè)所得稅，在季度預繳時，按照一定的方式分配稅額，分別在當?shù)仡A繳企業(yè)所得稅，年終匯算清繳，多退少補。

《國家稅務總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）

匯總納稅企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。

總機構(gòu)應將本期企業(yè)應納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了后15日內(nèi)就地申報預繳?？倷C構(gòu)應將本期企業(yè)應納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構(gòu)應分攤的比例，在各分支機構(gòu)之間進行分攤

《關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（ 財稅〔2016〕36號）

固定業(yè)戶應當向其機構(gòu)所在地或者居住地主管稅務機關(guān)申報納稅?？倷C構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅；經(jīng)財政部和國家稅務總局或者其授權(quán)的財政和稅務機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅。