專利權同自貿(mào)區(qū)商標權一樣，其兩者的保護對象都是無形資產(chǎn)，都具有專有性、時間性和地域性的特征；兩者的權利人都有權將其權利客體作為交易標的進行轉讓，都有權在受到不法侵害時請求損害賠償。同時，專利發(fā)明的名稱和外觀設計也可以作為自貿(mào)區(qū)商標申請注冊。

專利權與商標權的主要區(qū)別為：

（1）保護的目的不同專利權保護的發(fā)明創(chuàng)造，是技術上的解決辦法或者外觀設計上的藝術創(chuàng)作和獨特創(chuàng)意。保護的目的，在于的鼓勵發(fā)明創(chuàng)造，有利于發(fā)明創(chuàng)造的推廣應用，促進科學技術進步和創(chuàng)新。而商標權保護的商標，是具有區(qū)別商品或者服務來源的顯著特征的標志。保護的目的，為了促進生產(chǎn)者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會主義商品經(jīng)濟的發(fā)展和公平競爭。

（2）保護的對象和范圍不同專利權的對象是獲得專利的發(fā)明，實用新型或外觀設計。其中發(fā)明是指前人沒有的、先進的、經(jīng)過實踐證明可以應用的一種重大的科學技術新成就；實用新型是指對物品的形狀、結構或組合所作的革新設計，又稱小發(fā)明；外觀設計是指對產(chǎn)品的形狀、圖樣、色彩或其結合作出的富有創(chuàng)新美感而適于工業(yè)上應用的新設計。對專利權的保護范圍分別以發(fā)明，實用新型的權利要求的內(nèi)容為準和以表示在圖片或照片上的外觀設計專利產(chǎn)品為準。商標權的對象是以文字、圖形或者其組合構成的注冊商標。對商標權的保護范圍以核準注冊的商標和核定使用的商品為限。

（3）國家主管機關和適用的相關法律不同我國《專利法》是管理專利的基本法律。國家知識產(chǎn)權局專利局主管全國專利受理和審查專利申請的管理工作。我國《商標法》是管理商標的基本法律。國家工商行政管理局商標局主管全國商標注冊和管理的工作。

（4）時效性的不同我國的《專利法》規(guī)定，發(fā)明專利的有效期為20年，實用新型和外觀設計專利的有效期為10年，期限屆滿均不得續(xù)展。而我國《商標法》規(guī)定，注冊商標的有效期為10年，期滿可以續(xù)展注冊，而且可以無制重復申請，每次續(xù)展注冊的有效期均為10年，因此商標權的有效期實質上可以是無限期的。顯然，專利權和商標權是分屬兩種不同范疇的知識產(chǎn)權，有明顯的不同點，分別受到《專利法》和《商標法》的保護。但是在特殊情況下，某一權利客體中的一部分會出現(xiàn)在另一權利之中。具體地說就是：當專利發(fā)明的名稱和外觀設計在符合《商標法》規(guī)定條件的情況下，可以作為商標申請注冊；而含有與注冊商標相同或近似的文字、圖形及組合在符合《專利法》的情況下，也可以申請外觀設計專利。由于專利權和商標權受各自相應法律的保護，當兩者的權利人為不同一人時，則會出現(xiàn)專利權與商標權對抗沖突的情況。對于這種情況的出現(xiàn)，可以根據(jù)國家工商行政管理局商標局《關于處理商標專用權與外觀設計專利權權利沖突問題的意見》的原則予以處理解決?！吧虡藢Ｓ脵嗪屯庥^設計專利是重要的知識產(chǎn)權，分別受《商標法》和《專利法》的保護。這些權利的取得，應當遵守《民法通則》中的誠實信用原則，不得侵害他人的在先權利。”