注冊自貿區(qū)商標的使用許可，是指自貿區(qū)商標注冊人在保留所有權的情況下，許可他人使用該商標，當然這種使用是有一定條件的使用。這也就是說，注冊商標的所有人不變，但在一定的條件下使他人享有該商標的使用權。

商標許可，需要簽訂商標使用許可合同。商標使用許可合同，是指商標權人將其注冊商標許可給他人使用，被許可使用人支付費用而簽訂的合同。商標使用許可合同中說的注冊商標的“使用權”，而不是“所有權”，這是商標使用許可合同與商標權轉讓合同的區(qū)別，也就是說他的商標主體沒有發(fā)生改變。

根據(jù)《商標法》和《商標法實施條例》的規(guī)定，《商標使用許可合同》自簽訂之日起3個月內應當將合同副本報送商標局備案，而不是必須備案。如果合同不備案，工商管理部門不會查處，許可人和被許可人也都不會承擔相應的法律責任。

綜上所述，商標許可合同的備案雖不是法律強制的，但是在實際使用的過程中備案還是比較好的，比不備案利大于弊，利于企業(yè)的發(fā)展和自身利益的保護，在商標的使用中也更加的規(guī)范，利于企業(yè)品牌的保護，也更加方便消費者對于產品的選購。所以，商標許可使用合同備案在企業(yè)商標使用中是至關重要的。

商標許可合同的簽訂及備案涉及法律法規(guī)，所以需要通過正規(guī)專業(yè)的代理機構協(xié)助辦理更安全。